-------------------------------------------------------------------------------- ## AllSeasonsPaper ## - Description: Repo with replication code and data for the paper "Preferences for attributes of forest biodiversity are variable across seasons" submitted to [Journal]. - Function: To reproduce the analysis presented in text. - Author: Dr Peter King (p.king1@leeds.ac.uk) - Last change: 21/10/2025 ------------------------------ ### File Structure: #### Data: - SurveyData: The initial raw data and intermediate files from cleaning are here. - CEInputData: the databases used for APOLLO estimation - CEOutputData: Categorised output per model and hypothesis. #### Scripts: - SetupScripts: The cleaning scripts used to prepare data for modelling. - CEModelScripts: Model scripts for each hypothesis. - OtherScripts: Reproducing each table and figure. #### Replicate: Run *00_ReplicatePaper.R* to compile the paper. ------------------------------ ### Structure: # ├── 00_GuideToReplication.Rmd # ├── 00_ReplicatePaper.R # ├── AllSeasonsPaper.Rproj # ├── CEInputData # │ ├── CE_ExampleCard.jpg # │ ├── database_AllSeasons_Step1_Anonymised.csv # │ ├── database_AllSeasons_Weighted_Step2_Anonymised.csv # │ ├── database_Autumn_Step1_Anonymised.csv # │ ├── database_Spring_Step1_Anonymised.csv # │ ├── database_Summer_Step1_Anonymised.csv # │ └── database_Winter_Step1_Anonymised.csv # ├── CEModelScripts # │ ├── H1 # │ │ ├── Balanced # │ │ │ ├── 11_H1_Winter_PreferenceSpaceModel_Balanced.R # │ │ │ ├── 12_H1_Spring_PreferenceSpaceModel_Balanced.R # │ │ │ ├── 13_H1_Summer_PreferenceSpaceModel_Balanced.R # │ │ │ ├── 14_H1_Autumn_PreferenceSpaceModel_Balanced.R # │ │ │ ├── 15_H1_AllSeasons_PreferenceSpaceModel_Balanced.R # │ │ │ ├── Correlated # │ │ │ │ ├── 16_H1_Winter_PreferenceSpaceModel_Correlated_Balanced.R # │ │ │ │ ├── 17_H1_Spring_PreferenceSpaceModel_Correlated_Balanced.R # │ │ │ │ ├── 18_H1_Summer_PreferenceSpaceModel_Correlated_Balanced.R # │ │ │ │ ├── 19_H1_Autumn_PreferenceSpaceModel_Correlated_Balanced.R # │ │ │ │ └── 20_H1_AllSeasons_PreferenceSpaceModel_Correlated_Balanced.R # │ │ ├── Correlated # │ │ │ ├── 05_H1_Winter_PreferenceSpaceModel_Correlated.R # │ │ │ ├── 06_H1_Spring_PreferenceSpaceModel_Correlated.R # │ │ │ ├── 07_H1_Summer_PreferenceSpaceModel_Correlated.R # │ │ │ ├── 08_H1_Autumn_PreferenceSpaceModel_Correlated.R # │ │ │ ├── 09_H1_AllSeasons_PreferenceSpaceModel_Correlated.R # │ ├── H2 # │ │ ├── Balanced # │ │ │ ├── 21_H2_WinterFixed_ScaleModel_Balanced.R # │ │ │ └── 22_H2_WinterFixed_ScaleModel_Balanced_LoadModelTest.R # │ │ └── Correlated # │ │ ├── 10_H2_WinterFixed_ScaleModel_FullSample_Correlated_Covariates.R # │ ├── H3 # │ │ ├── Balanced # │ │ │ ├── Correlated # │ │ │ │ ├── 22_H3_Winter_WTPSpaceModel_Balanced_Correlated.R # │ │ │ │ ├── 23_H3_Spring_WTPSpaceModel_Balanced_Correlated.R # │ │ │ │ ├── 24_H3_Summer_WTPSpaceModel_Balanced_Correlated.R # │ │ │ │ ├── 25_H3_Autumn_WTPSpaceModel_Balanced_Correlated.R # │ │ │ │ ├── 26_H3_AllSeasons_WTPSpaceModel_Balanced_Correlated.R # │ │ └── Correlated # │ │ ├── 11_H3_Winter_WTPSpaceModel_Correlated.R # │ │ ├── 12_H3_Spring_WTPSpaceModel_Correlated.R # │ │ ├── 13_H3_Summer_WTPSpaceModel_Correlated.R # │ │ ├── 14_H3_Autumn_WTPSpaceModel_Correlated.R # │ │ ├── 15_H3_AllSeasons_WTPSpaceModel_Correlated.R # ├── CEOutputData # │ ├── H1 # │ │ ├── Balanced # │ │ │ ├── H1_AllSeasons_PreferenceSpaceModel_Correlated_Balanced_estimates.csv # │ │ │ ├── H1_AllSeasons_PreferenceSpaceModel_Correlated_Balanced_model.rds # │ │ │ ├── H1_AllSeasons_PreferenceSpaceModel_Correlated_Balanced_output.txt # │ │ │ ├── H1_Autumn_PreferenceSpaceModel_Correlated_Balanced_estimates.csv # │ │ │ ├── H1_Autumn_PreferenceSpaceModel_Correlated_Balanced_model.rds # │ │ │ ├── H1_Autumn_PreferenceSpaceModel_Correlated_Balanced_output.txt # │ │ │ ├── H1_Spring_PreferenceSpaceModel_Correlated_Balanced_estimates.csv # │ │ │ ├── H1_Spring_PreferenceSpaceModel_Correlated_Balanced_model.rds # │ │ │ ├── H1_Spring_PreferenceSpaceModel_Correlated_Balanced_output.txt # │ │ │ ├── H1_Summer_PreferenceSpaceModel_Correlated_Balanced_estimates.csv # │ │ │ ├── H1_Summer_PreferenceSpaceModel_Correlated_Balanced_model.rds # │ │ │ ├── H1_Summer_PreferenceSpaceModel_Correlated_Balanced_output.txt # │ │ │ ├── H1_Winter_PreferenceSpaceModel_Correlated_Balanced_estimates.csv # │ │ │ ├── H1_Winter_PreferenceSpaceModel_Correlated_Balanced_model.rds # │ │ │ ├── H1_Winter_PreferenceSpaceModel_Correlated_Balanced_output.txt # │ │ ├── Correlated # │ │ │ ├── H1_AllSeasons_PreferenceSpaceModel_Correlated_estimates.csv # │ │ │ ├── H1_AllSeasons_PreferenceSpaceModel_Correlated_model.rds # │ │ │ ├── H1_AllSeasons_PreferenceSpaceModel_Correlated_output.txt # │ │ │ ├── H1_Autumn_PreferenceSpaceModel_Correlated_estimates.csv # │ │ │ ├── H1_Autumn_PreferenceSpaceModel_Correlated_model.rds # │ │ │ ├── H1_Autumn_PreferenceSpaceModel_Correlated_output.txt # │ │ │ ├── H1_Spring_PreferenceSpaceModel_Correlated_estimates.csv # │ │ │ ├── H1_Spring_PreferenceSpaceModel_Correlated_model.rds # │ │ │ ├── H1_Spring_PreferenceSpaceModel_Correlated_output.txt # │ │ │ ├── H1_Summer_PreferenceSpaceModel_Correlated_estimates.csv # │ │ │ ├── H1_Summer_PreferenceSpaceModel_Correlated_model.rds # │ │ │ ├── H1_Summer_PreferenceSpaceModel_Correlated_output.txt # │ │ │ ├── H1_Winter_PreferenceSpaceModel_Correlated_estimates.csv # │ │ │ ├── H1_Winter_PreferenceSpaceModel_Correlated_model.rds # │ │ │ ├── H1_Winter_PreferenceSpaceModel_Correlated_output.txt # │ ├── H2 # │ │ ├── Balanced # │ │ │ ├── H2_WinterFixed_ScaleModel_Balanced_Correlated_estimates.csv # │ │ │ ├── H2_WinterFixed_ScaleModel_Balanced_Correlated_model.rds # │ │ │ ├── H2_WinterFixed_ScaleModel_Balanced_Correlated_output.txt # │ │ ├── Correlated # │ │ │ ├── H2_WinterFixed_ScaleModel_FullSample_Correlated_Covariates_estimates.csv # │ │ │ ├── H2_WinterFixed_ScaleModel_FullSample_Correlated_Covariates_model.rds # │ │ │ ├── H2_WinterFixed_ScaleModel_FullSample_Correlated_Covariates_output.txt # │ ├── H3 # │ │ ├── Balanced # │ │ │ ├── H3_AllSeasons_WTPSpaceModel_Balanced_Correlated_estimates.csv # │ │ │ ├── H3_AllSeasons_WTPSpaceModel_Balanced_Correlated_model.rds # │ │ │ ├── H3_AllSeasons_WTPSpaceModel_Balanced_Correlated_output.txt # │ │ │ ├── H3_Autumn_WTPSpaceModel_Balanced_Correlated_estimates.csv # │ │ │ ├── H3_Autumn_WTPSpaceModel_Balanced_Correlated_model.rds # │ │ │ ├── H3_Autumn_WTPSpaceModel_Balanced_Correlated_output.txt # │ │ │ ├── H3_Spring_WTPSpaceModel_Balanced_Correlated_estimates.csv # │ │ │ ├── H3_Spring_WTPSpaceModel_Balanced_Correlated_model.rds # │ │ │ ├── H3_Spring_WTPSpaceModel_Balanced_Correlated_output.txt # │ │ │ ├── H3_Summer_WTPSpaceModel_Balanced_Correlated_estimates.csv # │ │ │ ├── H3_Summer_WTPSpaceModel_Balanced_Correlated_model.rds # │ │ │ ├── H3_Summer_WTPSpaceModel_Balanced_Correlated_output.txt # │ │ │ ├── H3_Winter_WTPSpaceModel_Balanced_Correlated_estimates.csv # │ │ │ ├── H3_Winter_WTPSpaceModel_Balanced_Correlated_model.rds # │ │ │ └── H3_Winter_WTPSpaceModel_Balanced_Correlated_output.txt # │ │ ├── Correlated # │ │ │ ├── H3_AllSeasons_WTPSpaceModel_Correlated_estimates.csv # │ │ │ ├── H3_AllSeasons_WTPSpaceModel_Correlated_model.rds # │ │ │ ├── H3_AllSeasons_WTPSpaceModel_Correlated_output.txt # │ │ │ ├── H3_Autumn_WTPSpaceModel_Correlated_estimates.csv # │ │ │ ├── H3_Autumn_WTPSpaceModel_Correlated_model.rds # │ │ │ ├── H3_Autumn_WTPSpaceModel_Correlated_output.txt # │ │ │ ├── H3_Spring_WTPSpaceModel_Correlated_estimates.csv # │ │ │ ├── H3_Spring_WTPSpaceModel_Correlated_model.rds # │ │ │ ├── H3_Spring_WTPSpaceModel_Correlated_output.txt # │ │ │ ├── H3_Summer_WTPSpaceModel_Correlated_estimates.csv # │ │ │ ├── H3_Summer_WTPSpaceModel_Correlated_model.rds # │ │ │ ├── H3_Summer_WTPSpaceModel_Correlated_output.txt # │ │ │ ├── H3_Winter_WTPSpaceModel_Balanced_Correlated_model.rds # │ │ │ ├── H3_Winter_WTPSpaceModel_Correlated_estimates.csv # │ │ │ ├── H3_Winter_WTPSpaceModel_Correlated_model.rds # │ │ │ ├── H3_Winter_WTPSpaceModel_Correlated_output.txt # │ │ ├── SimulatedMeans_Correlated.csv # │ │ ├── AllSeasons_Correlated.csv # ├── Figure1_ExampleCE.tif # ├── LICENSE # ├── OtherOutput # │ ├── Figures # │ │ ├── H0_FigureA1_VisitFrequencyBySeasons.png # │ │ ├── H2_FigureB1_ChoiceVarianceBySeason.png # │ │ ├── H2_FigureB2_VisitVarianceBySeason.png # │ │ └── H3_Figure2_DistributionSimulatedWTPBySeason.png # │ └── Tables # │ ├── TableA1_GTests_VariablesVsWinter.txt # │ ├── TableA2_GTests_VariablesVsSpring.txt # │ ├── Table1_H1_LRtests.txt # │ ├── TableA3_H1_LRtests_Balanced.txt # │ ├── TableA5_H1_ModelOutputs_Balanced.txt # │ ├── Table2_H2_Waldtests.txt # │ ├── TableB1_H2_Waldtests.txt # │ ├── TableC1_H3_WTPsummary_Correlated.txt # │ ├── TableC2_MWTestsWTP_Correlated.txt # │ ├── TableC3_H3_ModelOutputs.txt # │ ├── Table3_PoeTestsWTP_Correlated.txt # ├── OtherScripts # │ ├── Figures # │ │ ├── 40_H0_FigureA1_VisitFrequencyBySeason.R # │ │ ├── 41_H3_Figure2_BoxWhiskersDistributionsWTPBySeason.R # │ │ ├── 42_H2_FigureB1_ScaleVariance.R # │ │ ├── 43_H2_FigureB2_ScaleVarianceVisitFrequency.R # │ └── Tables # │ ├── 27_H0_TableA1_GTestsVarablesVsWinter.R # │ ├── 28_H0_TableA2_GTestsVarablesVsSpring.R # │ ├── 29_H1_Table1_LRtests.R # │ ├── 30_H1_TableA3_LRtests_Balanced.R # │ ├── 31_H1_TableA4_ModelOutputsCorrelated.R # │ ├── 32_H1_TableA5_ModelOutputsCorrelated_Balanced.R # │ ├── 33_H2_Table2_Waldtests.R # │ ├── 34_H2_TableB1_Waldtests_Balanced.R # │ ├── 35_H3_SimulateMeans.R # │ ├── 36_H3_TableC1_WTPSummary.R # │ ├── 37_H3_TableC2_MWtestsWTP.R # │ ├── 38_H3_TableC3_WTPSpaceModelOutputs.R # │ ├── 39_H4_Table3_PoeTestsWTP.R # ├── README.md # ├── SetupScripts # │ ├── 01_CleanSurveyData.R # │ ├── 02_SurveyDataAddSpatial.R # │ ├── 03_SurveyDataAddCE.R # │ ├── 04_AddBalancingWeights.R # └── SurveyData # ├── AllSeasons_dataframe_Step3_Anonymised.csv # ├── AllSeasons_SurveyData_CleanedNoSpatial_Step1_Anonymised.csv # ├── AllSeasons_SurveyData_NoCE_Step2_Anonymsied.csv # ├── AllSeasons_SurveyData_NotCleaned_Step0_Anonymised.csv ------------------------------------------------------------------------ #### Any Questions: [p.king1\@leeds.ac.uk](mailto:p.king1@leeds.ac.uk)